Integracja z systemem Comarch ERP XL odbywa się przez bibliotekę DLL CDN_API. Dzięki czemu program gwarantuje spójność bazy danych i nie unieważnia gwarancji na Comarch ERP XL. Z Baselinker komunikacja odbywa się przez API, nie są wprowadzane dane bezpośrednio na bazę. Takie podejście zapewnia spójność i poprawność wprowadzanych danych do obu systemów na najwyższym poziomie.
Jeśli synchronizacja ma odbywać się automatycznie, program musi być cały czas uruchomiony. Zalecamy dodanie programu do autostartu, aby uruchamiał się po restarcie komputera. W środowisku serwerowym trzeba skonfigurować konto użytkownika, na którym jest zainstalowana aplikacja, by logowało się ono po restarcie serwera.